Horta dilahirkan di Dili, ibu negara Timor Leste. Ibunya seorang wanita berketurunan Timor Leste manakala ayahnya berketurunan Portugis dari Portugal yang dibuang negeri ke Timor Leste ketika zaman diktator Salazar. Beliau diberi pendidikan Katolik di sebuah perkampungan kecil di Soibada. Soibada kemudian dipilih oleh FRETILIN sebagai ibu pejabat pergerakan mereka menentang pendudukan Indonesia. Daripada sebelas abang dan kakaknya, empat mati dibunuh oleh tentera Indonesia.

Horta mempelajari Undang-undang Awam Antarabangsa di Akademi Undang-undang Antarabangsa Hague (1983). Horta dilatih dalam Undang-undang Hak Asasi Manusia di Institut Antarabangsa Hak Asasi Manusia di Strasbourg (1983), dan menghadiri kursus pasca-graduan di Universiti Columbia di New York (1983). Kemudian di Universiti Antioch, beliau menghabiskan pengajiannya dan mendapat Ijazah Sarjana Sastera dalam Pengajian Keamanan pada tahun 1984.

Horta telah bercerai dengan Anna Pessoa Pinto yang merupakan Menteri Pentadbiran Negeri Timor Leste. Mereka mempunyai seorang anak lelaki iaitu Loro.